Anàlisi de la cohort de LUAD utilitzant informació de MCN

Preparació de les dades per a l’anàlisi

El fitxer de dades amb informació de l’estat WGD (Bielski) conté 443 casos de la cohort de LUAD.

Tenim 594 fitxers de recomptes de la cohort de LUAD.

L’anàlisi inclourà 388 mostres, 162 mostres sense WGD i 226 mostres amb WGD. Un 58% de les mostres de l’anàlisi han patit WGD.

La mida de les llibreries varia entre 2.803784210^{7} i 1.645930510^{8} i la mida mitjana és de 7.929109610^{7}.

Pre-processament de les dades

Per a la filtració s’ha utilitzat un llindar de CPM de 0.14 i s’han filtrat 38715 gens, és a dir un 64% dels gens que teníem inicialment.

El rang de valors dels factors de normalització és de 0.6109501, 1.33124.

Exploració de les dades

Gràfics de densitat

Gràfic d’escalat multidimensional

Heatmap del gens més variables

Matriu de distàncies dels logCPM dels gens més variables. En aquest cas extraiem els 500 gens més variables a partir de les dades filtrades i normalitzades.

Resultats de l’anàlisi d’expressió diferencial

Nombre de gens diferencialment expressats

Contrastos amb p-valor ajustat (FDR) inferior a 0.05:

##        WGDvsNoWGD
## Down         4122
## NotSig      13538
## Up           4108

Contrastos amb p-valor sense ajustar inferior a 0.05 i valor absolut de log2-fold-change superior a 0.5 , aproximadament equivalent a un fold-change de 0.7 i 1.4:

##        WGDvsNoWGD
## Down         1548
## NotSig      19315
## Up            905

Llista de gens ordenats per significació

##       ensembl_gene_id hgnc_symbol      logFC      P.Value    adj.P.Val
## 9863  ENSG00000163071     SPATA18 -1.3782693 5.325753e-17 1.159310e-12
## 18625 ENSG00000250305      TRMT9B -1.0938982 4.524664e-16 4.924644e-12
## 5939  ENSG00000131747       TOP2A  1.1163600 9.574247e-16 5.210305e-12
## 10529 ENSG00000165810       BTNL9 -1.2718125 8.497662e-16 5.210305e-12
## 2129  ENSG00000100307        CBX7 -0.6544590 2.498186e-15 1.087610e-11
## 3094  ENSG00000106484        MEST  0.6862485 5.362101e-15 1.667460e-11
## 14629 ENSG00000197472      ZNF695  1.7775194 4.850559e-15 1.667460e-11
## 14325 ENSG00000196188        CTSE -2.2519240 9.059200e-15 2.465008e-11
## 15845 ENSG00000214013        GANC -0.5388066 1.199523e-14 2.901245e-11
## 2774  ENSG00000104738        MCM4  0.7681213 2.109489e-14 4.591935e-11
## 9612  ENSG00000161649     CD300LG -1.7809418 2.393093e-14 4.735714e-11
## 1424  ENSG00000080839        RBL1  0.5872595 2.656870e-14 4.819563e-11
## 11774 ENSG00000172167        MTBP  0.6732456 5.240955e-14 8.775778e-11
## 4700  ENSG00000120526      NUDCD1  0.5476919 8.007657e-14 1.245076e-10
## 5761  ENSG00000130558       OLFM1 -1.1820571 8.667377e-14 1.257810e-10
## 3637  ENSG00000111602    TIMELESS  0.6323637 1.095354e-13 1.402568e-10
## 13180 ENSG00000182481       KPNA2  0.7674904 1.062947e-13 1.402568e-10
## 8402  ENSG00000149636        DSN1  0.5437267 1.221011e-13 1.476610e-10
## 2289  ENSG00000101003       GINS1  0.9243228 1.360926e-13 1.548547e-10
## 9077  ENSG00000156802       ATAD2  0.7404735 1.422774e-13 1.548547e-10

Representació gràfica dels resultats

Gràfic mitjana-diferència

Gràfic de volcà

Heatmap dels gens més significatius

100 gens amb p-valor ajustat més baix:

100 gens amb p-valor ajustat més baix després d’haver filtrat per aquells gens amb un logFC en valor absolut superior a 0.5 (aproximadament equivalent a FC superior a 1.4 o inferior a 0.7):

Resultats de l’anàlisi d’enriquiment amb permutació de gene sets

Termes enriquits al grup WGD
NAME	FDR.q.val	NES
GO_CHROMOSOME_SEGREGATION	0	3.319150
GO_DNA_DEPENDENT_DNA_REPLICATION	0	3.304727
GO_MITOTIC_SISTER_CHROMATID_SEGREGATION	0	3.285185
GO_SISTER_CHROMATID_SEGREGATION	0	3.273102
GO_NUCLEAR_CHROMOSOME_SEGREGATION	0	3.268710
GO_MEIOTIC_CELL_CYCLE_PROCESS	0	3.249668
GO_ORGANELLE_FISSION	0	3.128423
GO_MITOTIC_NUCLEAR_DIVISION	0	3.085702
GO_DNA_REPLICATION	0	3.052331
GO_REGULATION_OF_CHROMOSOME_SEGREGATION	0	3.016459
GO_MEIOTIC_CELL_CYCLE	0	3.008593
GO_CELL_CYCLE_DNA_REPLICATION	0	2.954773
GO_DNA_CONFORMATION_CHANGE	0	2.947858
GO_CHROMOSOME_SEPARATION	0	2.917893
GO_MEIOSIS_I_CELL_CYCLE_PROCESS	0	2.861254
GO_MEIOTIC_CHROMOSOME_SEGREGATION	0	2.844355
GO_MITOTIC_SPINDLE_ORGANIZATION	0	2.839850
GO_RECOMBINATIONAL_REPAIR	0	2.831629
GO_REGULATION_OF_SISTER_CHROMATID_SEGREGATION	0	2.829219
GO_CHROMOSOME_LOCALIZATION	0	2.823537

Termes enriquits al grup no_WGD
NAME	FDR.q.val	NES
GO_AXONEME_ASSEMBLY	0.0000000	-2.414331
GO_CILIUM_MOVEMENT	0.0000000	-2.373688
GO_AXONEMAL_DYNEIN_COMPLEX_ASSEMBLY	0.0003807	-2.225546
GO_INTERLEUKIN_1_BETA_PRODUCTION	0.0002855	-2.216048
GO_POSITIVE_REGULATION_OF_CYTOKINE_BIOSYNTHETIC_PROCESS	0.0004523	-2.178987
GO_LEUKOTRIENE_METABOLIC_PROCESS	0.0003769	-2.175101
GO_ALPHA_BETA_T_CELL_ACTIVATION	0.0011388	-2.137185
GO_HEART_FORMATION	0.0018410	-2.127280
GO_HYDROGEN_PEROXIDE_BIOSYNTHETIC_PROCESS	0.0017641	-2.124833
GO_ALPHA_BETA_T_CELL_DIFFERENTIATION	0.0015877	-2.124116
GO_INTERLEUKIN_1_PRODUCTION	0.0015456	-2.116925
GO_ICOSANOID_METABOLIC_PROCESS	0.0018863	-2.108276
GO_T_CELL_SELECTION	0.0020036	-2.104574
GO_TUMOR_NECROSIS_FACTOR_SUPERFAMILY_CYTOKINE_PRODUCTION	0.0033128	-2.084354
GO_LONG_TERM_SYNAPTIC_DEPRESSION	0.0043000	-2.064694
GO_FLUID_TRANSPORT	0.0041007	-2.063819
GO_INTERLEUKIN_6_PRODUCTION	0.0041929	-2.057782
GO_EXTRACELLULAR_MATRIX_ASSEMBLY	0.0053339	-2.042640
GO_POSITIVE_REGULATION_OF_CELL_CELL_ADHESION	0.0060586	-2.033191
GO_REGULATION_OF_LIPASE_ACTIVITY	0.0060387	-2.029104