El fitxer de dades amb informació de l’estat WGD (Bielski) conté 443 casos de la cohort de LUAD.
Tenim 594 fitxers de recomptes de la cohort de LUAD.
L’anàlisi inclourà 388 mostres, 162 mostres sense WGD i 226 mostres amb WGD. Un 58% de les mostres de l’anàlisi han patit WGD.
La mida de les llibreries varia entre 2.803784210^{7} i 1.645930510^{8} i la mida mitjana és de 7.929109610^{7}.
Per a la filtració s’ha utilitzat un llindar de CPM de 0.14 i s’han filtrat 38715 gens, és a dir un 64% dels gens que teníem inicialment.
El rang de valors dels factors de normalització és de 0.6109501, 1.33124.
Matriu de distàncies dels logCPM dels gens més variables. En aquest cas extraiem els 500 gens més variables a partir de les dades filtrades i normalitzades.
Contrastos amb p-valor ajustat (FDR) inferior a 0.05:
## WGDvsNoWGD
## Down 4122
## NotSig 13538
## Up 4108
Contrastos amb p-valor sense ajustar inferior a 0.05 i valor absolut de log2-fold-change superior a 0.5 , aproximadament equivalent a un fold-change de 0.7 i 1.4:
## WGDvsNoWGD
## Down 1548
## NotSig 19315
## Up 905
## ensembl_gene_id hgnc_symbol logFC P.Value adj.P.Val
## 9863 ENSG00000163071 SPATA18 -1.3782693 5.325753e-17 1.159310e-12
## 18625 ENSG00000250305 TRMT9B -1.0938982 4.524664e-16 4.924644e-12
## 5939 ENSG00000131747 TOP2A 1.1163600 9.574247e-16 5.210305e-12
## 10529 ENSG00000165810 BTNL9 -1.2718125 8.497662e-16 5.210305e-12
## 2129 ENSG00000100307 CBX7 -0.6544590 2.498186e-15 1.087610e-11
## 3094 ENSG00000106484 MEST 0.6862485 5.362101e-15 1.667460e-11
## 14629 ENSG00000197472 ZNF695 1.7775194 4.850559e-15 1.667460e-11
## 14325 ENSG00000196188 CTSE -2.2519240 9.059200e-15 2.465008e-11
## 15845 ENSG00000214013 GANC -0.5388066 1.199523e-14 2.901245e-11
## 2774 ENSG00000104738 MCM4 0.7681213 2.109489e-14 4.591935e-11
## 9612 ENSG00000161649 CD300LG -1.7809418 2.393093e-14 4.735714e-11
## 1424 ENSG00000080839 RBL1 0.5872595 2.656870e-14 4.819563e-11
## 11774 ENSG00000172167 MTBP 0.6732456 5.240955e-14 8.775778e-11
## 4700 ENSG00000120526 NUDCD1 0.5476919 8.007657e-14 1.245076e-10
## 5761 ENSG00000130558 OLFM1 -1.1820571 8.667377e-14 1.257810e-10
## 3637 ENSG00000111602 TIMELESS 0.6323637 1.095354e-13 1.402568e-10
## 13180 ENSG00000182481 KPNA2 0.7674904 1.062947e-13 1.402568e-10
## 8402 ENSG00000149636 DSN1 0.5437267 1.221011e-13 1.476610e-10
## 2289 ENSG00000101003 GINS1 0.9243228 1.360926e-13 1.548547e-10
## 9077 ENSG00000156802 ATAD2 0.7404735 1.422774e-13 1.548547e-10
100 gens amb p-valor ajustat més baix:
100 gens amb p-valor ajustat més baix després d’haver filtrat per aquells gens amb un logFC en valor absolut superior a 0.5 (aproximadament equivalent a FC superior a 1.4 o inferior a 0.7):
| NAME | FDR.q.val | NES |
|---|---|---|
| GO_CHROMOSOME_SEGREGATION | 0 | 3.319150 |
| GO_DNA_DEPENDENT_DNA_REPLICATION | 0 | 3.304727 |
| GO_MITOTIC_SISTER_CHROMATID_SEGREGATION | 0 | 3.285185 |
| GO_SISTER_CHROMATID_SEGREGATION | 0 | 3.273102 |
| GO_NUCLEAR_CHROMOSOME_SEGREGATION | 0 | 3.268710 |
| GO_MEIOTIC_CELL_CYCLE_PROCESS | 0 | 3.249668 |
| GO_ORGANELLE_FISSION | 0 | 3.128423 |
| GO_MITOTIC_NUCLEAR_DIVISION | 0 | 3.085702 |
| GO_DNA_REPLICATION | 0 | 3.052331 |
| GO_REGULATION_OF_CHROMOSOME_SEGREGATION | 0 | 3.016459 |
| GO_MEIOTIC_CELL_CYCLE | 0 | 3.008593 |
| GO_CELL_CYCLE_DNA_REPLICATION | 0 | 2.954773 |
| GO_DNA_CONFORMATION_CHANGE | 0 | 2.947858 |
| GO_CHROMOSOME_SEPARATION | 0 | 2.917893 |
| GO_MEIOSIS_I_CELL_CYCLE_PROCESS | 0 | 2.861254 |
| GO_MEIOTIC_CHROMOSOME_SEGREGATION | 0 | 2.844355 |
| GO_MITOTIC_SPINDLE_ORGANIZATION | 0 | 2.839850 |
| GO_RECOMBINATIONAL_REPAIR | 0 | 2.831629 |
| GO_REGULATION_OF_SISTER_CHROMATID_SEGREGATION | 0 | 2.829219 |
| GO_CHROMOSOME_LOCALIZATION | 0 | 2.823537 |
| NAME | FDR.q.val | NES |
|---|---|---|
| GO_AXONEME_ASSEMBLY | 0.0000000 | -2.414331 |
| GO_CILIUM_MOVEMENT | 0.0000000 | -2.373688 |
| GO_AXONEMAL_DYNEIN_COMPLEX_ASSEMBLY | 0.0003807 | -2.225546 |
| GO_INTERLEUKIN_1_BETA_PRODUCTION | 0.0002855 | -2.216048 |
| GO_POSITIVE_REGULATION_OF_CYTOKINE_BIOSYNTHETIC_PROCESS | 0.0004523 | -2.178987 |
| GO_LEUKOTRIENE_METABOLIC_PROCESS | 0.0003769 | -2.175101 |
| GO_ALPHA_BETA_T_CELL_ACTIVATION | 0.0011388 | -2.137185 |
| GO_HEART_FORMATION | 0.0018410 | -2.127280 |
| GO_HYDROGEN_PEROXIDE_BIOSYNTHETIC_PROCESS | 0.0017641 | -2.124833 |
| GO_ALPHA_BETA_T_CELL_DIFFERENTIATION | 0.0015877 | -2.124116 |
| GO_INTERLEUKIN_1_PRODUCTION | 0.0015456 | -2.116925 |
| GO_ICOSANOID_METABOLIC_PROCESS | 0.0018863 | -2.108276 |
| GO_T_CELL_SELECTION | 0.0020036 | -2.104574 |
| GO_TUMOR_NECROSIS_FACTOR_SUPERFAMILY_CYTOKINE_PRODUCTION | 0.0033128 | -2.084354 |
| GO_LONG_TERM_SYNAPTIC_DEPRESSION | 0.0043000 | -2.064694 |
| GO_FLUID_TRANSPORT | 0.0041007 | -2.063819 |
| GO_INTERLEUKIN_6_PRODUCTION | 0.0041929 | -2.057782 |
| GO_EXTRACELLULAR_MATRIX_ASSEMBLY | 0.0053339 | -2.042640 |
| GO_POSITIVE_REGULATION_OF_CELL_CELL_ADHESION | 0.0060586 | -2.033191 |
| GO_REGULATION_OF_LIPASE_ACTIVITY | 0.0060387 | -2.029104 |